PAUP使用方法简介（三）
下面还有一个更简要的说明：关于三种建树方法：
PAUP软件使用简要说明&&
1.数据输入格式&&
将需要分析的一组DNA数据经Clustal软件比对分析后，将其比对结果的*.aln文件用Mega软件打开并转换为Mega格式（File-〉Convert
Format），转换结果会以*.meg文件存在与*.aln同一目录下，再用DNAsp软件将*.meg文件转换为PAUP格式（File-〉Save/Export
Date As，以NEXUS File
Format保存）即可。&&
2.MP法分析&&
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入&&
outgroup_外群名 回车&&
Bootstrap_nreps=1000_keepall
Describetree 回车&&
Savetrees_from=1 to=1000 回车&
3.NJ法分析
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入&&
outgroup_外群名 回车&&
Set_criterion=distance
Bootstrap_search=nj_nreps=1000_keepall 回车&
contree 回车&&
Savetrees_from=1_to=1000
4.ML法分析
先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入&
outgroup_外群名 回车&&
Set_criterion=likelihood
Bootstrap_nreps=100_keepall
contree 回车&
Savetrees_from=1_to=100 回车&
注：外群名指的是分析数据中外群的代号；&
下划线“_”表示键入一个空格；&&
结果以*.tre格式存在分析数据的同一文件夹内，用Treeview软件打开。
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豉甲（Whirligig beetle）鞘翅目，豉甲科，由于它体小，像半个黄豆瓣，故俗名叫“豉豆虫”。世界已知900多种，中国已记载44种。常群集浮於安静水塘或湖的水面，捕食落在水面的昆虫和其他生物。它们的复眼分上下两个，可以同时观察水面之上和水面下的情景。当豉甲受到威胁时、捕食时或是吸引异性交配时，它们习惯于快速地回旋游动。拉丁学名Whirligig beetle目鞘翅目科豉甲科分布区域全球
豉甲(图3)豉甲是一种水生甲壳虫，它们身体颜色大多为，成虫多在水面漂游，幼虫水栖。它们的分上下两个，可以同时观察水面之上和水面下的情景。不过，真正引起科学家关注的是，当豉甲受到威胁时、捕食时或是吸引异性交配时，它们习惯于快速地回旋游动。它们虽然也能够灵活游动，但是它们却与鱼类或海狮明显不同。豉甲拥有坚硬的、不易弯曲的外骨骼，这使得它们看起来更像是一艘艘微型硬壳船。生物学家威廉-罗梅认为，“它们与船非常像，一部分在水面之上，一部分在水面之下。”利用脚部和翅膀产生推进力，豉甲可以在水面快速的旋转，形成一个个圆圈。
美国宾州西彻斯特大学生物学家弗兰克-费什表示，“豉甲虽然没有像灵活的生物体那样的机动性，但是它们比标准的水下自控车要灵活得多。”根据豉甲的这一特点，工程师们将能够研制出多功能水陆两用车。[1]豉甲（whirligig beetle ），鞘翅目(Coleoptera)(Gyrinidae)约700种甲虫的统称，遍布全球，常群集浮於安静水塘或湖的水面，旋转洄游。捕食落在水面的昆虫和其他生物。体卵圆形，扁平，蓝墨色，有金属光泽。前足细长，中足和後足短扁，功能犹如划桨。遭攻击时潜游水下。复眼分开，看似有两对复眼，分别在水面及水下，可同时观察水面上与水面下的动静。翅发达，善飞。
雌虫产圆柱形卵于水下植物上，成平行的排列。幼虫狭长，有3对足，可是腹节上有带缘毛气管鳃，外观似蜈蚣。捕食时，腹部末端的钩固著身体。化蛹期幼虫浮现於水，背朝下用钩挂在岸边植物上，以污物和唾液作一蛹茧。成虫受惊时排出一种气味难闻的乳状液，可能有保护作用。Dineutes americanus排出的液体如苹果的气味。
豉甲属鞘翅目，肉食亚目，豉甲科。体长通常只有6-7．5毫米，最小的4毫米，最大的17毫米，属小型昆虫。世界已知900多种，我国已记载44种。背面黑色而略带光泽。每个复眼分为上下两部分，好似生有两对复眼。由于它体小，像半个黄豆瓣，故俗名叫“豉豆虫”。 外出游览，在平静的池塘水面，有时白天也能看到豉甲旋回游动；好像什么东西在水面划圈，非常引人注目。
豉甲(图1)豉甲也是生活在淡水水域表面的昆虫，但多在池塘、小水坑等不流动的平静水面上。成虫夜行性，多在夜间群集水面游泳。它们的游泳方式是回旋游动（旋转），我们把它叫做“旋泳”，只要它不离开水面，就总是不停地旋游。豉甲为什么只能在水面旋游呢？因为它的前足较长，但不是带有长毛的桨状游泳足，中、后足短小而扁，末端呈钳状，只能在身体腹面进行微小的搅水运动，使水形成旋涡带动虫体旋转。又因它体型较小，重量轻，具有蜡质的表皮，不会被水浸湿，同时它还能产生一种嫌水性的分泌物，以增加水的表面张力，因此水的表面能负载豉甲的身体，使它不会下沉。豉甲成虫、幼虫均为捕食性；完全变态。豉甲(图2)鞘翅目（Coleoptera）豉甲科（Gyrinidae）约700种甲虫的统称，遍布于全球，常群集浮于安静水塘或湖的水面，旋转回游。捕食落在水面的昆虫与其他生物。
豉甲为一种水生甲壳虫，其身体颜色大多为黑色，成虫在水面漂游，幼虫水栖。其复眼分上下两个，能同时观察水面之上和水面下的情景。引起科学家关注的是，当豉甲受到威胁时及捕食时或是吸引异性交配时，其习惯于快速地回旋游动。
其虽然也能够灵活游动，但是其却与鱼类或海狮明显不同。豉甲拥有坚硬的与不易弯曲的外骨骼，这使得其们看起来更像是一艘艘微型硬壳船。纽约州立大学波茨坦分校生物学家威廉-罗梅指出，“它们与船非常像，部分在水面之上，部分在水面之下。利用脚部与翅膀产生推进力，豉甲可以在水面快速旋转，形成一个个圆圈。
美国宾州西彻斯特大学生物学家弗兰克-费什指出，“豉甲虽然没有像灵活的生物体那样机动性，但是它们比标准的水中自控车要灵活得多。”根据豉甲这一特点，工程师们可以够研制出多功能水陆两用车。
捕食的时候，腹部末端钩固著身体。化蛹期幼虫浮现于水，背朝下用钩挂在岸边植物中，以污物与唾液作一蛹茧。成虫受惊的时候排出一种气味难闻的乳状液，有保护作用。Dineutes americanus排出液体如苹果的气味。豉甲的复眼体表光滑，背方隆起;体周具侧缘隆起，环绕其身，复眼大，分上下两部分，前足长且强壮，中后足短扁如桨。[2]
豉甲豉甲体长通常只有6-7.5毫米，最小的4毫米，最大的17毫米，属小型昆虫。世界已知900多种，中国已记载44种。背面黑色而略带有光泽。每个复眼分上下两部分，好似生有2对复眼。因为它体小，好似半个黄豆瓣，故俗名叫豉豆虫。 外出游览，在平静池塘水面，有时白天也可以看到豉甲旋回游动；像什么东西在水面划圈，非常引人注目。
体卵为圆形、扁平、蓝墨色，有金属的光泽。前足为细长，中足和后足短扁，功能犹如划桨。遭攻击时潜游水中。复眼分开，看似有2对复眼，分别在水面及水下，可同时观察水面上和水面下的动静。翅发达及善飞。
雌虫产圆柱形卵於水下植物上，成平行排列。幼虫狭长，只有3对足，但腹节上有带缘毛的，外观似蜈蚣。第一部分对昆虫苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒（AcMNPV）的me53进行了功能研究。该基因是一个起调控作用的早期转录因子，它的功能仍在探究之中。为了研究其在病毒感染过程中的作用，本文通过同源重组的方法构建了敲除me53基因的缺失型病毒。GFP表达分析结果显示me53基因缺失型病毒不能产生病毒粒子，质粒转染上清感染试验进一步证实me53基因缺失型病毒不能产生二次感染，即不能产生出芽型（BV）粒子。电镜观察支持了me53基因缺失型病毒不能形成核衣壳而导致出芽型（BV）和包涵体型（ODV）病毒的缺失。基于SYBR绿色荧光实时定量PCR的结果表明me53基因缺失型病毒的DNA复制受到 显著的阻止，而me53基因补回型病毒则表现了与野生型病毒相同的特性，说明me53基因缺失型病毒的表型确实由于me53基因的缺失所引起的。因此，敲除me53基因的一系列实验结果表明me53基因是一个病毒复制的必需基因，也为病毒DNA复制所必需。 第二部分根据位点特异性模型，利用PAUP和MrBayes软件，首次对部分线粒体COI基因序列三个密码子位置的数据模块分别进行了豉甲科及水生肉食亚目在亚科或科水平上的系统发育学分析，结果表明第二密码子数据模块获得了理想的分析结果。由PAUP生成的最优树来自第二密码子数据模块的分析，而由MrBayes生成的最优树来自全部密码子数据模块的分析。此外，用对应的氨基酸序列生成的ME和MP树与第二密码子数据模块分析的结果一致。在代表豉甲科三个亚科的13个种中，根据核苷酸及对应的氨基酸序列，用PAUP和MrBayes生成了多个最优树中，亚科Orectochilinae和Gyrininae以高的支持率形成了单系。然而，来自亚科Enhydrinae的种Porrorhynchuslandaisi landaisi呈现了异常的位置。SH检验结果也证实了这种异常位置的可信性。表明这个种可能代表了一个科。对37个序列数据矩阵，在来自第二密码子数据模块的最优ML树中，如果不考虑种Porrorhynchus landaisi landaisi，豉甲科位于树的基部，表明了该科在水生肉食亚目（Hydradephaga）中是一个早期的分支。Hydradephaga呈现为一单系。在树中产生了一个单系的Dytiscoidea，总科，由Dytiscidae、Hygrobiidae、Noteridae和Amphizoidae四个科组成，并且这四个科也均成为单系。单系的Haliplidae与之成为姐妹群。该树也显示了多起源假说的特性，多起源假说认为Hydradephaga是由三个独立的起源过渡到水生环境的。这个矛盾的结论正好说明了Hydradephaga是来自一个陆生祖先，而这些现代水生种类可能是来自陆生祖先的三个分支。此外线粒体分子钟的结果表明豉甲科的5对相近种间的分化是一个短时期内发生的（O.Ol-1.8l百万年前），这点可能与它们的特殊地理分布有关。美国加州大学伯克利分校的科学家们已将电极和相应的无线电接收器植入一些大型的甲虫（这一种属也包括独角仙）体内，使它们能够在飞行过程中时刻受到科学家们的遥控。这些生物机械化的甲壳虫将来可以用于执行战场侦察或搜救任务。
新手上路我有疑问投诉建议参考资料 查看英 ['p?:p?(r)]
美 ['p?:p?r]
n.乞丐；贫民；穷人
pauper是什么意思，词典释义与在线翻译：
靠救济度日者
【律】贫苦起诉人
保佩尔（音译名）
波佩 （音译名）
照救贫法得到救济的人
提示：各行业词典APP中含有本词条的独家正版内容，在手机上可看到更多释义内容。
pauper 在《外教社人口学英语词典》APP的缩略释义：
穷人 ... &&
a person who is very poor
pauper的用法和样例：
用作名词 (n.)
He guards the sleep of his pauper master if he were a prince.
即使主人是乞丐，他也会像守护王子一样伴随着主人。
The King disguised himself in a pauper's clothes.
国王穿上贫儿的衣服以掩盖身份。
A pauper has as much a right to learn as a king.
穷人和国王一样均有受教育的权利。
We don't need the rector's money, we're not paupers.
出自：Rachel Anderson
pauper的海词问答与网友补充：
pauper的相关资料：
pauper 在《外研社英语词典》APP的缩略释义：
穷人 ... &&
【近义词】
穷困潦倒的
pauper:pauper n. 叫花子, 乞丐…
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