当前位置：
&【求助】晶格参数如何优化？
【求助】晶格参数如何优化？
作者 huangye2001
各位高手：
& & 我想问一下，用castep优化几何结构时，如何让a=b=c这一初始条件不变，而他们的数值却可以变化？或者如何让a=b保持不变？谢谢了，祝各位工作学习愉快
引用回帖:Originally posted by huangye2001 at
各位高手：
& & 我想问一下，用castep优化几何结构时，如何让a=b=c这一初始条件不变，而他们的数值却可以变化？或者如何让a=b保持不变？谢谢了，祝各位工作学习愉快 菜单栏modify--Constraint，如下
限制哪个不变，勾哪个
谢谢你的回复，，你给出的那个选项栏，只是限制晶格常数的大小。我想问一下如何限制晶格形状，即晶格常数本身可以变化，而他们之间的比例关系不变
各位高手帮帮吧，非常感激
你不觉得fix angles就可以保证形状了吗
可是固定了角度，并不能保证让a=b=c不变
引用回帖:Originally posted by huangye2001 at
可是固定了角度，并不能保证让a=b=c不变 你是说等比例扩大吧？
引用回帖:Originally posted by huangye2001 at
可是固定了角度，并不能保证让a=b=c不变 限制了对称性呢
24小时热帖
下载小木虫APP
与700万科研达人随时交流当前位置：
&【求助】VASP 中晶格参数的优化问题
【求助】VASP 中晶格参数的优化问题
作者 冻冻2007
大家好，我在利用VASP程序做周期性碳纳米管结构优化的时候，希望只优化管轴z方向的晶格参数，其它两个方向的晶格参数，请问如何能够达到这个目的？谢谢！
[ Last edited by wuchenwf on
at 20:07 ]
没人回答啊？这个不难。在POSCAR中第7行添加 Selective Dynamics 选项
然后为每一个原子位置后面添加具体的变化参数。T表示可变，F表示固定。这个设定在手册中的POSCAR环节有提到。
&&0.0 0.5000 F F T
即可表示x，y方向固定，z方向可变。
lz可以再看看手册。上面的说明更重要。
[ Last edited by wangle_xq on
at 20:20 ]
谢谢你， 不过我想问的是如何选择性优化晶格常数，而不是选择性的优化原子的坐标。具体我想做这样一件事情：建立一个周期性的碳纳米管，这个管子是放在一个晶格常数为a*b*c的超单胞中，为了优化碳管在轴向的晶格常数，我希望固定a,b只优化c，我不知道在VASP中是如何实现的？
我没有做过碳管，冒然上来答题可能不太合适吧。呵呵。
我现在还不是很明白你的意思，可以讨论一下。
据我了解，如果要计算一个碳管，那么首先你需要建立一个含有真空层的超晶胞。通常这个真空层应该是处于x，y面。而z轴方向上应该就是周期性扩展的碳纳米管。是这样么？（如果这步都错了，那请忽略以下所说。不好意思）
如果是这样，那么LZ所说的a×b×c的超晶胞应该就是我上面讲的，a表示x轴方向的晶胞大小，b表示的是y轴的晶胞大小。在x，y轴包含真空层的前提下，我认为，这个a，b的大小没有实际的意义。原因是，VASP的计算是包括周期性边界条件的，这个条件不能去除。为了可以计算碳管，一般的处理原则是选择足够大的真空层，保证在周期性条件下，超晶胞内的碳管不会对晶胞外产生影响。所以，我觉得改变a，b的想法本身值得讨论。
另外，lz希望优化c，也就是z轴方向的大小这点还是比较容易理解的。据我所知VASP当中的确没有这方面的设定。INCAR中的ISIF参数和超晶胞设定相关，但是只是规定体积是否可变，原子是否可变等等，并不满足楼主要求。如果楼下有人知道如何计算，我也是很想知道的，
谢谢你的回帖，也很高兴能就这个问题给你讨论一下：
首先呢，你说的我都同意。
其次，我知道在VASP中，ISIF参数设定了结构优化的尺度（原子坐标，晶格体积，晶格形状），我想优化晶格参数，所以一般ISIF要取3（原子坐标，晶格体积，晶格形状都优化）。但是为了保证相邻的碳管之间没有相互作用，所以优化晶格形状和体积的时候我不希望a,b变化，我只希望优化c。
编一个脚本文件，设置几个c的值可以得到能量最低的结构，但是这种方法计算量大，每变一个c的值都要结构优化一次，所以我想问一下大家VASP中有没有什么特殊的设置。
似乎没有这种设置，不过基本上其他方向的变化并不是很大，但由于你优化的结构更加的接近于能量最低的那个结构，你每次优化的计算量应该减小很多才对。而且晶格常数可以在文献里面查到，基本上相同 势的情况下lx差不多的
有没有尝试计算过？如果设定ISIF=3，固定原子x，y坐标，计算一下试试看。在块体材料的条件下，a，b值肯定是不会变的——我采用的是Direct坐标。我相信，对于碳管，如此设定应该能得到lz预想相似的结果。如果Direct坐标不成，更改一下Cartesian坐标再试一次。
另外，如果a，b有变化，还应该验证一下真空层的大小，可能真空层不够大。退一步讲，如果真空层足够大，并且采用Cartesian坐标，就算a，b有变化对你的碳管也没有影响啊。引用回帖:谢谢你的回帖，也很高兴能就这个问题给你讨论一下：
首先呢，你说的我都同意。
其次，我知道在VASP中，ISIF参数设定了结构优化的尺度（原子坐标，晶格体积，晶格形状），我想优化晶格参数，所以一般ISIF要取3（原子坐标，晶格体积，晶格形状都优化）。但是为了保证相邻的碳管之间没有相互作用，所以优化晶格形状和体积的时候我不希望a,b变化，我只希望优化c。&&... [ Last edited by wangle_xq on
at 13:57 ]
我的建议是，手动解决这个问题，也就是写一个脚本，把一定范围内的Z值算一遍做个曲线出来，最低点就找到了。
有点费事，不过据我所知就这一个办法了，期待高人能有更好的答案
24小时热帖
下载小木虫APP
与700万科研达人随时交流24小时热门版块排行榜&&&&
(著名写手)
单身浏览汉
散金: 1005沙发: 4
在线: 536.9小时
虫号: 777973
注册: 性别: GG专业: 中医内科
【求助】优化后晶格常数差别太大怎么办？已有5人参与
最近优化了几个六角晶体，发现无论用LDA还是GGA（PBE），优化后（FINE和MEDIUM都试过）晶格常数差别很大，达到6%了，算出来的一些性质明显不对，很是郁闷，请问各位有经验的兄台遇到这类问题该怎么办？
& 猜你喜欢
已经有5人回复
已经有5人回复
已经有39人回复
已经有8人回复
已经有7人回复
已经有93人回复
已经有47人回复
已经有7人回复
已经有3人回复
已经有11人回复
& 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
已经有4人回复
已经有10人回复
已经有7人回复
已经有6人回复
已经有4人回复
已经有24人回复
已经有5人回复
已经有10人回复
已经有22人回复
已经有23人回复
已经有8人回复
版权乜有，盗用不究！
(小有名气)
在线: 78.5小时
虫号: 2432162
注册: 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
★ 小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:: Originally posted by bingmou at
一般来说先固定c/a，调整a，得到优化的体积，然后固定体积，优化c/a，然后在调整a，迭代收敛... 这个具体怎么做?怎么设置
相关版块跳转
第一性原理
我要订阅楼主
的主题更新
小木虫,学术科研互动社区,为中国学术科研免费提供动力
违规贴举报删除请发送邮件至：
广告投放与宣传请联系 李想 QQ：
QQ：&&邮箱：
Copyright &
MuChong.com, All Rights Reserved. 小木虫 版权所有当前位置：
&最复杂情况下的参数优化
最复杂情况下的参数优化
作者 navyzhang
看了侯老师的VASP教程，关于晶格参数优化存在一些疑问！
对于a,b,c都不相等的体系，是不是可以这样
1、先优化形状(即c/a,b/a)和位置，(将该计算得到的CONTCAR作为下一步的POSCAR)
2、仅优化位置，得到该情况下的能量E1
3、改变a参数，按上面两步，先优化形状和位置，再单优化位置，得到该情况下的能量E2
4、如此往复共改变十次a参数，得到是个能量E1~E10，拟合E-V曲线，得到能量最低时的V0
那么下面参数a到底该怎么求呢？将V0/(b*c)？如果是这样，b和c从哪里来？是能量最低情况下第一步对应的结果？
首先，结构优化是为了寻找晶体的基态。
在侯博士的那片文章中提到的对复杂晶体的优化，再脚本中的a首先是在实验值的左右各取若干个，然后对晶格采用固定体积的方法进行优化，这样就会得到一系列的a-E图像，做出曲线，这样的话，你就能看到这个曲线呈现U型。我们知道基态的能量应该是最低的，所以a的取值应该是对应于E最小的a，但是一次并不能精确的确定a的值，只能错略的估计a的范围，但是通过多次的缩小这个区间，就能得到较为准确的a值，而由于是允许晶格形可变，且原子位置驰豫的，所以就可以得到基态结构。
引用回帖:Originally posted by qiqi2926 at
首先，结构优化是为了寻找晶体的基态。
在侯博士的那片文章中提到的对复杂晶体的优化，再脚本中的a首先是在实验值的左右各取若干个，然后对晶格采用固定体积的方法进行优化，这样就会得到一系列的a-E图像，做出曲 ... 不是说要用Birch-MurnaghanG方程拟合E-V曲线得到最低能量状态下的体积吗？
这样得到的a值不一定对吧？b和c都没有考虑进去哇。
如果是最简单的a*a*a晶胞可以这样优化，
引用回帖:Originally posted by navyzhang at
不是说要用Birch-MurnaghanG方程拟合E-V曲线得到最低能量状态下的体积吗？
这样得到的a值不一定对吧？b和c都没有考虑进去哇。
如果是最简单的a*a*a晶胞可以这样优化 这个脚本不是所有体系都适合的。。。。所以得自己琢磨一下。我自己推过状态方程，最后可以用matlab拟合，结果还听不错的。。。
我是先ＩＳＩＦ＝４弛豫找到能量最低点后，再把那个ＣＯＮＴＣＡＲ复制到ＰＯＳＣＡＲ里进行ＩＳＩＦ＝３的全弛豫
那里头的脚本分为两部分，一部分是固定晶胞体积的弛豫，得到CONTCAR后复制到POSCAR中进行另一部分静态计算，得出能量。所以侯的优化思路是这样的：
1.取不同的a值，首先进行ISIF=5的固定体积但不固定形状的弛豫，然后静态计算出对应的能量。
2.每一个a值对应一个体积和能量，多个a值可以得到一条E~V曲线，通过拟合可以得到最小的那个E对应的体积和a值。
3.注意，此时如果是立方晶格，a值即为优化结果。但例如是四方或其他，此时你只是得到了最佳的形状（a/c值），你再取不同的a进行下一次循环，以得到最佳的a值与c值。
更正一下上帖最后一句“此时你只是得到了最佳的体积，但是例如四方晶格，体积可以有两个自由度a和c，例如总体积为10，可以是a=1,c=10.也可以是a=2,c=5（举例子），所以你要在上次优化得到的最小能量对应的原胞体积基础上再将a和c的值进行二次优化
引用回帖:Originally posted by nicolemikeyi at
那里头的脚本分为两部分，一部分是固定晶胞体积的弛豫，得到CONTCAR后复制到POSCAR中进行另一部分静态计算，得出能量。所以侯的优化思路是这样的：
1.取不同的a值，首先进行ISIF=5的固定体积但不固定形状的弛豫， ... 状态方程拟合工具你那里有吗？
还望指点！
或者通过origin拟合也可以，方程形式是什么？
24小时热帖
下载小木虫APP
与700万科研达人随时交流Fcc Si 优化晶格常数 - 简书
Fcc Si 优化晶格常数
这是按照VASP官方wiki的这篇教程进行的：
针对 fcc 结构的硅晶体，用VASP做晶格常数优化
Lattice constant optimization for fcc Si.
表示晶格的几何结构参数和位置信息。
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
第一行是注释，可以写体系名称。
第二行是晶格尺寸放大因子，并不是一般意义的晶格常数。
第三行到第五行是晶格的三个基矢的坐标表示。
第六行是一个原胞中每种原子的个数，fcc Si 体系只有一种原子，故写 1。
第七行表示选择 Cartesian 模式，也就是接下来的原子坐标是相对值，实际值应该是相对值乘以晶格常数。如果是 direct coordinates (respectively fractional coordinates) 模式，也就是相对分数坐标，这里是以晶格基矢作为单位长度。如下图
第八行表示一个晶胞中，硅原子的位置相对坐标。
VASP最重要的输入文件，决定如何进行计算，包含诸多计算设置参数
System = fcc Si
ISTART = 0 ;
# WAVECAR not exists
ICHARG = 2 ;
if ISTART=0
ENCUT = 240 ;
ISMEAR = 0;
# Gaussian smearing
SIGMA = 0.1;
Monkhorst Pack
POT这部分我不懂，我用的是这个文件夹里的Si的POTCAR，先解压，然后在挪到 node0 上面
zcat /share/apps/src/vasp/pseudopotential/pot/Si/POTCAR.Z & POTCAR
scp POTCAT node0:
将以下代码复制保存到 loop.sh 脚本，并将 BIN = xxx 那一行改成服务器上VASP的位置，用 qsub loop.sh 在服务器上提交任务。
#! /bin/bash
BIN=/path/to/your/vasp/executable
rm WAVECAR SUMMARY.fcc
3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat &POSCAR &&!
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
echo "a= $i" ; mpirun -np 2 $BIN
E=`awk '/F=/ {print $0}' OSZICAR` ; echo $i $E
&&SUMMARY.fcc
cat SUMMARY.fcc
执行之后输出
3.5 1 F= -. E0= -. d E =-.
3.6 1 F= -. E0= -. d E =-.
3.7 1 F= -. E0= -. d E =-.
3.8 1 F= -. E0= -. d E =-.
3.9 1 F= -. E0= -. d E =-.
4.0 1 F= -. E0= -. d E =-.
4.1 1 F= -. E0= -. d E =-.
4.2 1 F= -. E0= -. d E =-.
4.3 1 F= -. E0= -. d E =-.
也就是我们依次将晶格常数设置成3.5到4.3中的值，然后跑VASP计算，并且将计算结果中的能量值挑出来画图。我在OUTCAR里找到对应的能量值，发现在文档最后面。
OUTCAR里Free energy
另外我还找到了 energy-cutoff 等于240.00 eV，不知道为啥我在 POTCAR 里没找到
Energy-cutoff
用 gnuplot 作图，可能先要下载 gnuplot，然后开启服务器图形功能， 通过ssh -X -Y 登录主机。
gnuplot& plot "SUMMARY.fcc" using ($1):($4) w lp
晶格能量与晶格常数关系图
可见晶格常数为3.8 A 时，体系能量最低。
中科大物理学院本科生
之前的博客：jenny42.com
[TOC] Class I. Words Expressing Abstract Relations Section I. Existence 1. Being, in The Abstract existence 1 absolute
a.绝对的，完全的; 无(条件...
37 视频滤镜 在配置编译FFmpeg时可以通过--disable-filters来禁止所有滤镜的编译。也可以配置编译脚本来输出所有包含进编译的滤镜信息。 下面是当前可用的视频滤镜介绍。 alphaextract 把输入视频作为灰度视频来提取透明通道，它通常和alphame...
本文转载自博主一个人就是一个叠加态，有部分删减修改，文中对相关概念方法做了详细的总结，留坑待填... 1. 第一原理计算的一些心得 1. 第一性原理 第一性原理其实是包括基于密度泛函的从头算和基于Hartree-Fock自洽计算的从头算，前者以电子密度作为基本变量（霍亨伯格...
8086汇编 本笔记是笔者观看小甲鱼老师（鱼C论坛）《零基础入门学习汇编语言》系列视频的笔记，在此感谢他和像他一样共享资源、帮助他人的筒子们==本文比较长，由于笔者个人能力有限，错漏在所难免，欢迎读者们批评指正。 本文首发于我的CSDN博客，同时也发布于我的博客园 一、基础...
如果你已经加入了iOS攻城狮队伍，那么我们由衷地祝贺您正式成为一名终身学习的程序猿；有人觉得这句话有些儿夸张，但等你亲身体会了就明白其中的滋味。下面是整理的一些阅读开发文档所需要用到的词汇，分为基础篇和提升篇。个人建议大家利用零碎的时间来学习这些英语单词，例...
不知道从什么时候开始，我有了和人说晚安的习惯。 我想这应该是遇见晚安少女的原因。 晚安少女从小需要别人跟她道晚安，只有说了晚安后，她才会放心地睡觉。 另一方面，只要别人和她说了晚安，不管怎么样她都会很快睡着。 对于她来说，这绝对是个魔咒般的词语。晚安之后，少女就变身为沉睡的...
经研究他们没有半毛钱的关系.
大家好！我叫喷火鱼。海洋里许多有趣的动物，其中，有一种会喷火的鱼，就是喷火鱼，我们生活在印度洋里。我的颜色是红的。因为我身体里的油非常多，所以才能在水中喷火。如果我遇到了鲨鱼，我就会喷火，鲨鱼就只能逃走了，从高空往下看，喷火欲喷出的火就像海底红色的珊瑚，没想到，这么强大的鲨...
全文约4700字，阅读时长约12分钟。 这两天看了特立独行的猫（星姐）的新作《你自以为的极限，只是别人的起点》，加之最近身边发生的一些事，感触还蛮深的。其实这本书已经买了蛮久的，我查了下订单，是今年6月2日买的，然后一直躺在我的书架上，连外面的薄膜都没拆。 我现在已经完全想...
“海鸟哥，你到底喜欢我哪一点? ” “每一点…” “正经一点啦，我讨厌油腔滑调的鸟人，你知道吗，你是第一个说喜欢我的，我经常被取笑说长得那么黑，好像黑包公，你就不介意我的肤色吗？” “紫菜妹，你知道吗？我暗恋你至少有5年打底了，只是一直怕被你拒绝，到时候连朋友都做不成…不瞒...}