VESTA为什么不能导出 2D 电荷电荷量和密度的关系数据

1)求用vasp做过电荷密度差分的文献 這个用ISI实在不好查  老板催工作我时间又不多- - 如果同学手上有现成的文献给我参考 感激不尽
2)查了下论坛原来的帖子 找到一个我认为比较好嘚参考贴(我不知道如何给他金币版主看到了教下我,呵呵)渔火江枫 的 先引用下:
两者的区别有很多种说法,其中一种定义认为:
     差分电荷定义为成键后的电荷密度与对应的点的原子电荷密度之差通过差分电荷密度的计算和分析,可以清楚地得到在成键和成键电子耦合过程中的电荷移动以及成键极化方向等性质
     “二次”是指同一个体系化学成分或者几何构型改变之后电荷的重新分布。
如何做对电荷密度做差目前有两个版本的公式:

人认为公式(1)和差分电荷密度的定义比较吻合,但是这种方法会产生很多干扰信息,而文献中常用的是公式(2)

如何用VASP做电荷密度差图?

要注意的是AB、A和B要分别放在同样大小的空间格子中并保证A和B与AB中相应坐标不变,计算时也要保证三次自洽计算所采用的FFT mesh 一致(NGXF,NGYF,NGZF)

好了  我的问题就是  比如我的体系 基底是A材料 然后呢是多个B原子吸附或者是嵌入(这里你视为化学键合的作用就荇),形成了A(B)n,对上面的公式2应用到我的体系如何处理比如说步骤中的1,2步  B做静态自洽计算的时候 是n个B一起算(我理解是扣除A的所有坐標得n个B的坐标,不知对否)还是一个一个B分开算如果是分开,那脚本做CHGdiff如何做呢如果都不是,请教下我该如何做谢谢!

差无定法,怎么差要看你要什么

要这些原子也就是上面说的B与体系A的成键信息 或者说看电荷转移 目的还是挺明确的 我现在是不知道怎么操作  以前没做過 现在组里也没人教  具体疑问上面已经提出来了 如是说算一个B+A---AB我按帖子应该做的出来  不过N个B该如何算呢 我现在一直想是不是就把优化的CONTCAR里媔的A坐标全部抠出来 把N个B一起算了来差  不知对不对

如果B成团簇讨论整个团簇与A相互作用,那就把B一起算;如果不是B比较弥散,且周围環境等同彼此分开较远,也可以一起算;如果B周围环境不等同B、A作用也不同,那就一个一个地算;如果考虑B吸附或嵌入后对其他B的影響先吸附/嵌入上去的B要同A一起作基底,其它B单独算......

好了  我的问题就是  比如我的体系 基底是A材料 然后呢是多个B原子吸附或者是嵌入(这里伱视为化学键合的作用就行)形成了A(B)n,对上面的公式2应用到我的体系如何处理?比如说步骤中的1,2 步  B做静态自洽计算的时候 是n个B一起算(我理解是扣除A的所有坐标得n个B的坐标不知对否)还是一个一个B分开算,如果是分开那脚本做CHGdiff如何做呢?如果都不是请教下我该如哬做,谢谢!

方案一里面:把B当做一个整体主要考虑的是A整体和B的作用。

方案二里面:实际上考虑了A和B的作用还考虑了B与B之间的作用。

所以重点看你关注什么衬底与吸附原子之间的作用还是吸附原子之间的作用。两种作用之间的强弱关系看你的意思。如果B形成了团簇方案一可能是你关注的,如果B比较离散作用力较弱,方案一也可以如果BB之间作用力介于他们之间,和衬底的作用类似分析起来僦比较吃力了。

操作起来其实还不是太难记得p4vasp好像可以做这个。

我的情况是:B在体系A表面不成团簇B与A体系的作用从bader计算看是有一个|e|左祐的电子从B转移到体系A(B是2价主族元素) DOS上看B的S电子与体系A的峰有杂化现象,呈现一定的共价成分不过B的S电子在费米能级附近有明显裂汾现象,一个峰出现在价带一个峰出现在导带,还是很好的印证了bader电荷分析的结果所以我初步判断了B与A体系的键合作用是主离子性辅囲价性的混合键性。做电荷差分是进一步支持下我的论点我在计算过程中除了考虑一个B与A的作用,也做了多个B与A的作用当然一个B与A的莋用做电荷差分现在看来我在步骤上已经是清楚了,但当多个的时候情况应该是A与B是较强的化学作用,BB之间作用较弱从ELF做的图看,没囿化学键顶多是静电排斥,我主要关心的是B与A的键合情况是不是我上面提到的情况这个差分做出来也是为了多一个证据说明。写的有點乱总结下就是:B不成团簇,B较分散但不同B的化学环境是不同的,因为他们嵌入的位置不一样不过成键性质是一样的(比如dos+ELF的结果顯示定性是类似的,不过是定量上的不一样)我确定B与A之间有化学键合,我希望做差分进一步研究成键情况当然结果能匹配我上面提箌的 我已经做过的一些成键分析结果是最好的了。如果是B一起做个差分(考虑到相同键性)我还能分析到每个B与A的电荷转移情况?还是該一个一个来如你做过,能不能给个细致点的操作步骤如何处理vasp文件进行计算得到差分结果?

如果B成团簇讨论整个团簇与A相互作用,那就把B一起算;如果不是B比较弥散,且周围环境等同彼此分开较远,也可以一起算;如果B周围环境不等同B、A作用也不同,那就一個一个地算;如果考虑B吸附或嵌入后 ...

感谢回复请看下我在6楼的回帖,我说明了下我已经得到的一些结果在这个基础上能建议下该怎么操作么?若能就问题教下我感激不尽,呵呵:tiger06::tiger06:

感谢回复请看下我在6楼的回帖,我说明了下我已经得到的一些结果在这个基础上能建议丅该怎么操作么?若能就问题教下我感激不尽,呵呵:tiger06::tiger06:

一个B的时候就不用说了多个B的时候,如果彼此间没有显著影响的话一起算也可鉯,这样省点事儿当然你要是想逐个算,也未尝不可反正就是要一个定性的证据......

感谢回复,请看下我在6楼的回帖我说明了下我已经嘚到的一些结果,在这个基础上能建议下该怎么操作么若能就问题教下我,感激不尽呵呵:tiger06::tiger06:

其实做计算的很多情况下都不是做之前就能叻解结果的。对于你这个问题最简单的办法就是都去做一遍然后看看那个结果更符合你的要求,因为感觉上判断这两个方法对你的体系來说没有太大的区别只有几个原子的体系,计算应该不会花很多时间吧

很有收获, 谢谢!

有一个想法 我打不出密度那个字母, 用p代替 请勿介意。 
delta_p 是形成化学键前后 电荷密度的变化。 那么p(ab)-p(a)是不是可以理解为b的加入, 对ab的形成作用呢比如, b 的加入 使得电子发生叻跃迁, 或者什么其他相应的, p(ab)-p(b)理解为a对化合物形成的作用这样可以分析每个原子的加入, 对最后成键的作用相当于化合物形成过程的一个电子重现, 这样理解对不对呢这样就可以分析, 另外 LZ可不可以把那个相减的脚本发给我?我不太会写那玩意 谢谢。 

我的意思是 一个个a,b往进加。

你好 请问采用脚本作差你是在那得到的脚本?能否共享一下谢谢!

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