不同作物FAD2基因密码子偏好性分析--《山东农业科学》2013年07期
不同作物FAD2基因密码子偏好性分析
【摘要】：本研究运用多种软件对12种作物的FAD2基因进行密码子偏好性分析。结果表明:FAD2基因在12种作物中密码子使用偏好性差异很大,禾本科作物玉米、水稻、高粱的FAD2基因有效密码子数(Effec-tive Number of Codons,ENC)在30左右,为偏好性很强的基因;油料作物油菜和亚麻的FAD2基因的ENC值分别为45.49和48.58,为一般偏好性基因;另外6种油料作物和模式植物拟南芥的FAD2基因ENC值都大于50,偏好性较弱。玉米、水稻、高粱、油菜、亚麻、花生和拟南芥的FAD2基因偏好以G或C碱基结尾的密码子,其余5种油料作物的FAD2基因偏好使用以A或T结尾的密码子。在12种作物中,密码子CTC的RSCU值都大于1,属于高频使用的密码子;而CTA、ATA、GTA、AGT、CCC属于低频密码子。在聚类分析中,12种作物基于FAD2基因密码子用法与基于CDS序列的聚类结果大体一致。
【作者单位】：
【关键词】：
【基金】：
【分类号】：S188【正文快照】：
脂肪酸脱氢酶(Fatty Acid Desaturase,FAD2)是存在于作物细胞内质网表面的一种脱氢酶,可以向油酸(C18∶1)引入第二个双键,提供质膜结构所需的亚油酸(C18∶2)等多元不饱和脂肪酸,是作物产生多聚不饱和脂肪酸的关键酶。不饱和脂肪酸在增加生物膜的流动性中发挥重要作用,其在生
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京公网安备75号BL21 和 Rosetta 表达的疑惑 - 实验交流 - 生物秀
标题: BL21 和 Rosetta 表达的疑惑
摘要: [BL21 和 Rosetta 表达的疑惑] 表达一个哺乳动物(mammalian)病毒的N蛋白克隆到载体上后开始用BL21表达虽然量不是很大 但还可以接受－80保存了两三个月再拿出来划线 挑菌 诱导 同样的条件居然不表达了于是重新用质粒转化了Rosetta挑单克隆过夜生长还正常但第二天1：100转接（Amp C 关键词:[质粒 载体 基因 菌株 聚合酶 菌种 编码 重组]……
表达一个哺乳动物(mammalian)(mammalian)(mammalian)病毒的N蛋白
克隆到载体上后
开始用BL21表达
虽然量不是很大 但还可以接受
－80保存了两三个月
再拿出来划线 挑菌 诱导 同样的条件居然不表达了
于是重新用质粒转化了Rosetta
挑单克隆过夜生长还正常
但第二天1：100转接（Amp Chl） 扩大培养就长不起了
10个小时之后浓度还是很低
请大家帮忙分析
一 为什么同样的条件BL21开始能表达 后来表达不成功
二 Rosetta过夜菌转接的时候能否扩大浓度比如1：10这样？扩大浓度后是否有利于生长有利于表达呢？
估计你的蛋白对宿主菌的毒性较大，而且表达产物是可溶性的，所以用Rosetta后问题更严重，能告诉我你用的是什么载体吗？也许可以帮助你解决。
我最近也遇到类似的问题，相同的条件，原来能诱导到上清的，现在却不行了，这个跟菌的新鲜的程度有关吗？
我是5X-1载体的。
我用的载体是pRSET-C
不过开始在BL21中表达是包含体
但表达量不是很高
1.如果蛋白需要量较大，建议更换其它载体如pET30a或pET28a(T7lac promoter含 lacI 编码基因)，这样稳定性应该会提高
2.如果蛋白需要量不大，那只能先保存一些质粒，每次做之前转化制备新菌种，或者做一下菌种传代稳定性的研究（如果是我做的话，倒不如更换载体）。
个人认为Rosetta不太适合于规模生产。
菌种的不稳定性现象很常见，原因较复杂，只能找些方法提高稳定性，祝好运！
我想问一下你重新转化过BL21么?我也遇到类似的问题,表达菌种在-80保存了半年划线挑菌不表达,后来提质粒重新转化还是不表达,很郁闷,而且用原始质粒转化也没表达,可当初它确实是表达过的呀
会不会是你的BL21的菌株变异了，
我也碰到过这种情况，后来只能重新买NOVEGIN的新菌株。
TO adihua:
Rosetta不太适合于规模生产, 为什么？
不会是菌株的问题,因为同一个实验室有别人也用的这个菌株表达没问题的
其实你们忽略了一个问题，就是BL21菌株中还带有另外一个质粒，是编码T7RNA聚合酶基因的质粒，而为何我们保存了好久的菌株拿出来想继续表达却发现没有表达图谱了？其中原因就是该菌株中的T7 RNA聚合酶基因被重组丢失了，那么你的表达载体上的启动子就没有用了。建议方法是，每次进行诱导表达前，可以用表达质粒进行转化后，第二天早上待重组菌长出并菌落较小时，挑取接种于液体培养基中，培养到OD600=0.8时，再转接至200ml或更大体积的液体培养基中，继续培养至OD600=0.8时，加入IPTG诱导，至于诱导时间需要自己摸索。这样可以保证表达的成功。
至于Rosetta为何不适宜用于工业化生产，其实与它的表达量有关的，试想一个菌株中拥有N多的质粒或表达框架在里面，那么同样的表达质粒导入，而在别的菌株中就只有一个表达质粒在里面，在相同的培养与诱导条件(即提供的材料量一样)下，可以想像Rosetta菌株中期望的表达质粒能用到的材料量占多少？那么你期望的表达量就肯定不会够了。至于我为何这么说，我已同时做了BL21(DE3)和Rosetta(DE3)为宿主进行表达我的目的基因，就会发现BL21(DE3)为宿主时表达量就会很大，相对来说Rosetta就小了。
很想知道现在表达了没
转化后直接挑克隆到50ml培养基中,
养到OD600=0.6-0.8时再加IPTG诱导,
与先挑在小试管养一段时间,再加一
部分菌液到50ml培养液中,OD600到
0.6-0.8时加IPTG诱导,
这两种方法有啥区别呢?
10楼gxumxc:你好,请问分两次培养,
那个含T7 RNA聚合酶的质粒就能重
新形成吗???
我前天直接挑克隆到50ml培养液中,
养到OD=0.8时加IPTG,啥也没诱导出
来!正郁闷.....
本人不太同意“BL21菌株中还带有另外一个质粒，是编码T7RNA聚合酶基因的质粒”的观点，如果是这样的话，从转化了表达质粒的BL21（BE3）菌中抽提的质粒就会有两种质粒，可我还没见过这样。T7RNA聚合酶应该是在BL21（DE3）基因组的DE3区，启动子是lacUV5，同样受是IPTG的诱导。
To fanxing518:两种方法诱导都可以。不同基因的表达，难度不一样，受很多因素的影响，最主要的是基因（蛋白）的特性（大小、密码子、5‘端二级结构等、产物毒性等）、载体的选择，采用何种形式表达（融合or 非融合），如果一个基因实在很难表达（如对菌体有毒性），可以采用融合表达，使之形成包涵体，也许会好些。不同的蛋白要具体分析。不知道有没有人在开发这种预测蛋白表达的软件之类的？
To erwinchen:Rosetta不太适合于规模生产, Rosetta菌种的生长速度会慢些，最主要的是工业化生产中如制药，一般不加抗生素(antibiotic)(antibiotic)(antibiotic)(antibiotic)，这样含多个质粒的Rosetta就更不稳定，不好控制发酵工艺。
我也出现了这样的问题.以前做好了的重组菌,现在拿来诱导,更本诱导不出,而且和BL21菌对照了一下,发现重组菌不表达了.这到底是怎么回事?
我现在也遇到相同的情况，我的片断长度是1800bp
我现在也遇到相同的情况，我的片断长度是1800bp，用的是Pet32载体，上个月表达的时候，虽然量少，但还是可以看出表达了，但现在怎么也不表达了，请教同实验室的博士，他说他以前也遇到同样的情况，通过更换培养基的方法解决了，我采用同样的方法，还是没有表达。请有这方面经验的大虾们来帮帮啊！
上面有位同学说是编码T7 聚合酶的质粒丢了，这肯定是不对的。编码T7 RNA聚合酶的基因是整合到宿主菌基因组里面的（Lac操纵子下游），在不加IPTG时，被Lac蛋白阻遏表达，加入IPTG时，能诱导T7 gene的表达，生成的T7RNA聚合酶识别我们转化进去的质粒上的T7 RNA启动子，从而使我们的插入基因大量表达。
我最近也遇到这种情况，连续作了三个月都是保种后重新划平板就不表达了，质粒测序也是对的，但一直找不出原因来，今天看了各位的帖子如梦初醒啊，明天重新转化再表达，谢谢各位啊
很可能是质粒丢失，BL21很容易丢失质粒，一般质粒都保存在JM109和DH5a中比较稳定。我们实验室也有一些人出现这种情况的！
质粒丢失了，在抗性平板上怎么长的起来？
我现在遇到相似的问题。我的载体是pET28a和pET32a，连的同一个基因，1.5Kb。在BL21中二者都可以表达，但都不溶。转到rosetta中之后，pET32a仍表达，但还是不溶，而pET28a的竟不表达了。请问这是何故？请大家帮帮忙吧！
我建议还是换个载体吧 比如PET-28A
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密码子偏好性分析
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你可能喜欢急有哪位高手知道bl21（DE3）密码子偏好性在线等(密码子) - DNA技术 - 生物秀
标题: 急有哪位高手知道bl21（DE3）密码子偏好性在线等(密码子)
摘要: [急有哪位高手知道bl21（DE3）密码子偏好性在线等(密码子)] 急！有哪位高手知道bl21（DE3）密码子偏好性？在线等！ 关键词:[密码子]……
急！有哪位高手知道bl21（DE3）密码子偏好性？在线等！
回复就是E.coli的密码子偏好性,注意待表达基因中的稀有密码子.可参考http://mcl1.ncifcrf.gov/dnaworks/dnaworks2.html回复站友 这个太高深了，看不懂哦～～～～～～
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电话：021-求大神指点 不同种类的大肠杆菌(Escherichia coli)对密码子的偏好性有声么影响？ - 实验交流 - 生物秀
标题: 求大神指点 不同种类的大肠杆菌(Escherichia coli)对密码子的偏好性有声么影响？
摘要: [求大神指点 不同种类的大肠杆菌(Escherichia coli)对密码子的偏好性有声么影响？] 本人在此网站查得不同种类的大肠杆菌(Escherichia coli)对密码子的偏好性有一定影响求解！！！http:
www kazusa or jp codon cgi-bin spsearch cgi?species=Escherichia+coli+&c=s 关键词:[密码子 大肠杆菌 抗原 编码 氨基酸 抗体 密码子使用]……
本人在此网站查得不同种类的大肠杆菌(Escherichia coli)(Escherichia coli)对密码子的偏好性有一定影响求解！！！
http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/spsearch.cgi?species=Escherichia+coli+&c=s回复:cry:给力啊！回复大肠杆菌(Escherichia coli)毕竟是原核表达系统，而我们时常要表达的蛋白都是真核的蛋白，编码的密码子都是真核常用的。
但是大肠杆菌(Escherichia coli)相对于真核来说毕竟不是高级的表达系统，很多密码子使用就有偏好了，就像一种有多种编码，但是有的编码就使用的少，有些就频繁一些。
而且，不同的大肠杆菌(Escherichia coli)本身就是有差别，所以对密码子也是有偏好的，就是萝卜白菜各有所爱嘛。
所以，你在选择好大肠杆菌(Escherichia coli)种类之后就要按照那个宿主的偏好去优化你的目的基因的密码子了。回复http://www.kazusa.or.jp/codon/cg ... ichia+coli+&c=s
从此网站中 查看的 例如：Escherichia coli O127:H6 : 1中的O127:H6 是大肠杆菌(Escherichia coli)携带的不同抗原 他们对密码子的偏好性有什么影响回复
大肠杆菌(Escherichia coli)毕竟是原核表达系统，而我们时常要表达的蛋白都是真核的蛋白，编码的密码子都是真核常用的。
但是大肠杆菌(Escherichia coli)相对于真核来说毕竟不是高级的表达系统，很多密码子使用就有偏好了，就像一种有多种编码，但 ... http://www.kazusa.or.jp/codon/cg ... ichia+coli+&c=s
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http://www.kazusa.or.jp/codon/cg ... ichia+coli+&c=s
从此网站中 查看的 例如：Escherichia coli O127:H6 : 1中的O127:H6 是大肠杆菌(Escherichia coli)携带的不同抗原 他们对密码子的偏好性有什么影响... 抗原？我没做过方面。
我的理解是，如果表达的蛋白会和有特异性反应，那么就会影响表达该蛋白的氨基酸的密码子。至于怎么影响，我不知道，不能在这瞎说。回复
抗原？我没做过抗体方面。
我的理解是，如果表达的蛋白会和抗体有特异性反应，那么就会影响表达该蛋白的氨基酸的密码子。至于怎么影响，我不知道，不能在这瞎说。... 很谢谢了回复
很谢谢了... :D客气了回复有影响的！这个要看具体的物种所使用的表达系统和(Escherichia coli)的表达系统使用的密码子是不是一样，如果不一样的话，就要考虑一下突变了！（如果做克隆的话）
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