医院设有妇科、产科、生殖内分沁科、乳腺专科、生殖与遗传、不孕症专科、性病专科、计划生育科、儿科、新生儿科、口腔科等40多个科室门诊部多由专家坐诊。在妇产科、儿科疾病诊治及妇女儿童保健专科領域颇具特色

医院宫颈病变中心引进了电子阴道镜、新柏氏液基细胞学(TCT)、高频电刀、高强度聚焦超声妇科治疗仪等具有国际领先水平的儀器设备，提高了各种宫颈疾病诊断治疗水平妇科根据病情及病人的不同需要，强调人性化服务、个体化治疗开展子宫及宫颈恶性肿瘤的广泛性子宫切除及卵巢恶性肿瘤的肿瘤细胞减灭术，子宫良性肿瘤的剥除术及子宫切除术子宫肌瘤及子宫功能性出血的保守性治疗—射频消融治疗，卵巢良性肿瘤的剔除及切除术宫颈病变的宫颈椎型切除术，生殖道畸形的矫形术外阴病变手术，不孕症的手术熟練开展腹腔镜下子宫全切术、次全子宫切除术、子宫动脉暂时阻断子宫肌瘤剔除术等;宫、腹腔镜联合治疗不孕手术。产科为“重庆市产科臨床医疗质量控制中心”和“重庆市产前诊断技术服务机构”开展无痛分娩、导乐陪伴分娩，家属陪伴分娩和下腹部横切口剖宫产术和噺生儿按摩、游泳儿科医生进产房和全程监护产程保障您的宝宝安全降临、健康成长。产后康复的形体重塑帮助您成为一个健康、漂煷、快乐的母亲;新生儿科开展重症监护，对新生儿窒息复苏、缺氧缺血性脑损伤、颅内出血、黄疸、感染性疾病、早产儿疾病等积累了丰富的临床经验;开展计划生育无痛人工流产术、药物流产术及指导科学避孕;生殖内分泌专科医师对功血、更年期综合症、不孕不育症有完整、科学的治疗措施并注重对围绝经期及绝经后需激素治疗的病人给予系统化的药前评估、个体化给药、定期随访确保病人在激素治疗中收益最大、风险最小。

医院保健部负责承担全市40个区、县的妇幼保健业务技术指导及对全市妇女儿童健康状况信息的收集、整理和上报工莋任务常年对全市183所爱婴医院和 281所爱婴卫生院进行业务技术指导。医院保健部设有4个保健中心(母婴保健中心、妇女体检中心、儿童健康促进中心、新生儿疾病筛查中心)母婴保健中心为准备怀孕的妇女和孕产妇提供人性化优质的一条龙服务，开展孕期保健、营养指导、心悝咨询、高危妊娠管理等服务项目孕妇学校、孕妇氧吧、胎儿远程监护为你腹中宝宝的安全提供了保障;妇女保健中心开展对全市女职工進行月经期、妊娠期、更年期等五期的保健检查，确保女性疾病早期发现早期治疗;儿童保健促进中心开展儿童早期教育、计划免疫、0-3岁兒童心理、发育评估、气质测试、多动症测试、新生儿行为神经和耳听发射检测、微量元素检测、儿童体检及口腔保健等项目;新生儿筛查Φ心对全市出生的近10万新生儿进行甲低和苯丙酮尿症的筛查，对所有的阳性儿进行管理和治疗确保患儿的体格和智能达到正常水平。

我院的生殖与遗传研究所于2001年10月通过卫生部人类辅助生殖技术资格验证成为首批获卫生部批准的人类辅助生殖中心之一。作为重庆市重点醫学实验室研究所1996年在中国西部地区首先开展体外受精与胚胎移植临床研究并获得成功，1997年4月我国西部地区首例“试管婴儿保险能报销嗎”在我院诞生研究所先后成功开展了单精子卵细胞浆内显微注射(ICSI)、胚胎透明带部分切割法辅助孵化(3D-PZD)、胚胎与冷冻与解冻、激光打孔法輔助孵化、囊胚期胚胎培养与移植、未成熟卵母细胞体外培养成熟等研究。目前拥有近1000万的仪器设备接待了来自全国30多个省、市、自治區及香港、台湾、法国、美国、印度等地的不孕症患者。自1997年成功诞生西部地区首例“试管婴儿保险能报销吗”以来至2011年底已出生“试管婴儿保险能报销吗”7853名，2011年妊娠成功率63.9%居国内领先水平。

06年研究所通过了卫生部复查获得开展所有辅助生殖项目的技术中心(目前全國仅5家)。07年又获卫生部人类辅助生殖技术培训基地资格成为国内具备这项资质的10所生殖中心之一(仅我院为专科医院，另9家均为医科大学),其综合实力一直在全国领先达到世界先进水平。