我知道它是从个人应发工资中扣缴的但是为什么应发工资里面就包括了社保呢？

不是一回事但是都得从工资里扣除，我不知道你糾结啥呢公司在工资里扣除你社保属于正常扣费呀

我纠结的是企业要交的社保部分也从个人工资中扣吗？

企业缴纳的怎么会在你工资里扣呢企业部分企业承担，你把企业的和个人的都掏了的话除非你有特殊情况企业才会在你工资里扣除企业部分。