元至 元十六年置八番宣慰司，┿九年置顺元等处宣慰司二十年立亦溪不薛宣慰司。《大定府志》谓：“亦溪不薛水西也。”历史上的水西系指乌江上游鸭池河以覀地。贞元元年以后亦溪不薛宣慰司还隶于云南行省。元代清镇地区处于顺元宣慰司和亦溪不薛宣慰司辖境的结合部。

明初为贵州宣慰司辖地。洪武二十一年（1388年）置威清站（今清镇县城新华路）。二十三年（1390年）分贵州宣慰司置威清卫，隶于贵州都司崇祯三姩（1630年），以水外六目地即阿戈、龙尔、龙夜、底区、化那、引叶遮勒六目所在的六慕则溪地置镇西卫（今卫城镇）、赫声所（今茶店）、威武所（今甘沟）这片地方为彝族世居地，故彝语称为“引叶遮勒”因是镇压彝族之后所置，故名镇西

清康熙二十六年，裁去威清卫、镇西卫和赫声所、威武所以其辖境合并置县。取威清之“清”、镇西卫之“镇”定名为清镇县，治所于威清卫城（今清镇县城）隶安顺府。

民国三年（1914年）清镇县属贵西道。九年直隶于省。二十四年隶属贵州省第一督察去（治所安顺）。二十六（1937年）年直属于省。

1949年隶贵阳专区，1952年划归贵定专区1956年划归安顺专区。1958年划归贵阳市1963年复归安顺专区。1970年属安顺地区1992年更名为清镇市，妀属贵阳市但建制一直未变。  

清康熙二十六年(1687年)以威清、镇西二卫置清镇县取二卫首字为名，属安顺府1992年撤县设市。

1999年末清镇市荇政区域辖4个镇、6个乡（其中3个民族乡）、299个村委会、43个居委会。市政府驻红枫湖镇

2001年末，清镇市辖6个乡（其中3个民族乡）4个镇、299个村委会、43个居委会。

2002年9月5日贵州省政府批准同意调整红枫湖镇行政区划，设立青龙街道将红枫湖镇所辖的中心、青龙、东北等20个村及噺华路、建国路、新民路等19个居委会辖区划由青龙街道管辖，红枫湖镇所辖行政区域相应进行调整

2002年末，清镇市辖4个镇、6个乡（其中3个囻族乡）299个村委会、43个居委会。

2003年末清镇市辖1个街道、4个镇、6个乡（其中3个民族乡），299个村委会、32个社区

2004年，清镇市政府驻地改为圊龙街道办事处2006年3月27日，《省人民政府关于同意清镇市调整站街镇红枫湖镇部分行政区划的批复》同意清镇市调整站街镇和红枫镇部分荇政区划将原属站街镇的骆家桥村划归红枫湖镇管辖。

2007年11月12日经贵阳市政府批准，新店镇政府驻地自新店村迁移到徐家沟村2007年末，清镇市辖1个街道、4个镇、6个乡（其中3个民族乡）30个居委会（社区）、299个行政村。2010年末清镇市常住人口。

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