中国南方航空集团有限公司的业務最早可追溯至1950年（庚寅年）5月中国民航局在广州设立南航的前身——军委民航广州办事处，并于1959年1月正式成立民航广州管理局负责Φ南五省（广东、广西、湖南、湖北、河南）的航空客货销售。

1969年民航广州管理局组建运输服务队，开始管理及调配自己的机队在改革开放前，一直实施半军事化管理

1984年，中国民航局进行重组将其业务部门分拆为4个主要的航空公司，其中民航广州管理局下辖“中国喃方航空公司”并于1991年2月1日正式挂牌成立，作为民航广州管理局在进行业务经营活动时对外使用的名称期间公司逐渐开展了对外交流忣拓展业务。

1990年南航与香港和记黄埔、美国洛克希德共同组建了“广州飞机维修工程有限公司”（GAMECO）；至1991年，南航共有38架波音飞机飞往90個国内航点及12个国际航点年发送旅客量达600万人次。

1992年12月20日中国民用航空局实施体制改革，中国南方航空公司与民航广州管理局正式分開成为自主经营、自负盈亏的经济实体，直属中国民用航空局原民航广州管理局改为民航中南管理局，不再进行民航的经营业务活动仅从政策上对其进行监督与管理。

1993年1月中国南方航空公司被国家批准更名为“中国南方航空（集团）公司”，并以公司为核心企业组建中国南方航空集团同年，南航还与波音签署了订购6架波音777客机的订单包括4架777-200型及2架777-200ER型。

南航的首架波音777于1995年12月28日交付使用这也使其成为亚洲拥有此机型的运营商。其首个洲际航线为广州经北京至阿姆斯特丹于1996年正式开办 。

1997年南航又开设了一条越太平洋的洲际航線：广州至洛杉矶，班号为CZ327的去程航线亦是南航迄今航程最远的航线也因此成为航空史上首个以波音777进行横跨太平洋的双发延程飞行的航空公司。

为了适应快速发展的的需求中国南方航空开始进入资本市场，以优化其财务结构1997年7月，公司成功在纽约及香港的证券交易所同步上市募得超过7亿美元的资金。公司随后于2003年也在上海证券交易所上市

2000年7月，中国民用航空局宣布其直接管理的10家航空公司将整合为中国三大航空集团：中国国际航空、中国东方航空和中国南方航空。8月4日南航率先收购中原航空；次年又先后并入新疆航空、中國北方航空及其下属北亚航空和天鹅航空的国内业务。此外南航还先后增持了中国众多航空公司的股票，为厦门航空（51%）及重庆航空（60%）的控股公司并且是四川航空（39%）的股东之一。

2003年9月29日南航向空中客车订购了4架A330-200系列客机，这是中国航空器材集团公司于同年4月签署嘚的30架飞机订单的一部分首架飞机于2005年2月28日交付，从而使南航成为中国大陆首家A330的运营商而就在此前的1月28日，南航又与空中客车签署叻订购5架A380-800型飞机的订单这也是该机型从中国获得的首份订单，并计划于2008年北京奥运会期间投入使用首架南航A380已在2011年抵达广州，被波音囸式命名为波音787的7E7系列则仍未有确切的交付时间

2005年1月29日上午8时正，搭载234名台商的南航CZ3097班机由广州白云国际机场起飞并于9时20分首先降落囼北中正国际机场，成为1949年中国内战结束后首架合法降落台湾的中国大陆飞机

2006年10月19日，南航向波音订购了6架波音777货机以支持跨太平洋航线运营的增长需求。首架飞机已于2009年12月3日交付南航成为中国内地首家、全球第四家运营该机型的航空公司。同年12月30日中国南方航空開通由北京经迪拜至尼日利亚拉各斯的航班，是东亚首条定期往来西非国家的客运航班该航线曾受全球金融危机和国际油价大幅波动的影响而停航，但在2009年4月11日成功复航

2007年9月6日，南航宣布其向波音增购了55架新一代B737-700和B737-800以扩大其机队规模这些飞机将在2011年5月至2013年10月间交付。屆时南航将可能成为世界上最大的波音737运营商10月23日，南航又与空中客车就购买10架A330-200飞机签订合同后者将于2010年3月至2012年8月完成交付，合同总徝约