怎么样快速从NCBI中ps扣序列帧图,下载

502 Bad Gateway
502 Bad Gateway下载序列简单不过,无非就是联网NCBI主页,选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载,而且下载的序列是指定的AC或GI的呢?实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功能,诸如:Bioedit、Geneious、MacVector等。其实,NCBI自带的Batch Entrez 只需简单三步即可轻松完成这一任务。
【准备工作】
创建一个需要下载序列AC号的列表文件,每行一个独立的AC号,保存为文本文件:
【简要流程】
1、打开网页,粘贴这个网
点击“浏览”按钮,选择事先准备带AC号的文本文件后,点击“Retrieve”开始检索,数秒后即可返回检索的序列记录;
3、点击检索到的序列记录“Retrieve records for 48 UID(s)”即可,后面就是“Send to” 保存要下载的序列,后面的操作就不在赘述,详见前面一些相关教程。
用NCBI的工具Batch Entrez批量下载序列
用NCBI的工具Batch Entrez批量下载序列Batch Entrez网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez...
从NCBI批量下载序列
Three easy ways to download multiple sequences from NCBI
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如何用Linux从NCBI批量下载数据
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从NCBI批量获取一个物种EST等相关序列
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total steps of
getting fasta file you need
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&如何批量从NCBI下载自己搜索到的序列
如何批量从NCBI下载自己搜索到的序列
作者 acq613
如何批量从NCBI下载自己搜索到的序列。没找到fasta send to file在哪?
我是一个一个点开,然后保存网页为文本文档,挺方便的。
引用回帖:Originally posted by rural2084 at
我是一个一个点开,然后保存网页为文本文档,挺方便的。 俺也是这么做的,
批量没注意到,一个个点开有有些右边靠上部有download的键
但通常还是复制爆出word等文档比较好,遇到直接保存网页过后打不开的情况,又得找
我也是一个一个的点开
原来没有人回答啊。呵呵。
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下载小木虫APP
与700万科研达人随时交流ncbi中的基因组genome全序列下载
基因组的全系列下载最方便的就是通过NCIBI的ftp直接下载。
ftp地址为:
基因组资源
包括人、小鼠、果蝇、线虫等模式生物,以及微生物、植物等的基因组。
各种文件的说明,FTP站点 (genomes 目录) — 下载各种格式的完整的染色体序列数据,包括GenBank的flat file (*.gbk),GenBank的概要文件(*.gbs),FASTA核酸文件(*.fna),FASTA氨基酸文件(*.faa),蛋白表(*.ptt)
模式生物基因组资源,包括人、果蝇、线虫、酵母、大鼠、小鼠、斑马鱼、拟南芥菜、水稻等模式生物。一些常见的模式生物的基因组ftp下载地址
Arabidopsis(拟南芥):
Fruit fly(果蝇)
Mouse(鼠):
Human(人):
Caenorhabditis elegans(线虫):
Zebrafish(斑马鱼):
Rice(水稻):
Xenopus(爪蟾蜍):
数据下载命令,因为dna文件名一般都是fna或者fa.gz结尾的,因此可以用wget递归下载所有的数据,如
wget &r &nd &l 2 &A '*.fna', '*.fa.gz' 'ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Caenorhabditis_elegans/'
-r:表示递归
-l:level,递归的最大层数
-A,接收的文件名,多个用,号隔开
后面那个就是一个基因组的位置。
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