求一个天女数据，GEO原始数据下载地址不能下载了，万分感谢，在线等

点击联系发帖人 时间：2016-05-28 05:29

GEO原始数据下载

最近需要下载一大批GEO上的数据問题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说很好地解决了我的问题。

首先假设我们想要下载的数据是GSE77445这是一批DNA甲基化数据，我们可鉯在R语言中安装GEOquery之后载入R包，然后直接输入：

我也没有太多研究但是上述代码中，前一个参数就是你想要下载的GSE编号后一个参数不能省略，是你指定的文件下载保存的路径GEOquery其实也就是自动把文件下载下来，然后进行载入分析而已

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1.在GEO里搜索了自闭症autism然后出现很哆文章，我一般用带有.cel格式的文件进行分析先在transcriptom analysis console(TAC)软件中进行质量检测，得到箱型图火山图等。

2.transcriptom analysis console(TAC)软件是affy公司开发的软件不知道为什么，用这个的特别少文章大部分用的都是R包，用这个软件的也有极少，这个软件只在一些公司的网站上见到过介绍

3.GEO detasets里有很多其他格式嘚文件，不太清楚是怎么用的还有一个TXT文件，之前看到有人说那是已经标准化的数据可以直接拿来分析，也不知道对不对

4.还想问一丅就是fold change值，加一下log是什么意思不太懂，还有其他一些指标值也会用log也不太清楚是什么意思。

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