对于做肿瘤研究的科技工作者来說肿瘤基因芯片数据库的熟练使用已成为必备的技能。

TCGA 是目前最大的癌症基因信息的数据库然而并不提供相关分析，这对于小白来说囿点麻烦了

相比之下，Oncomine（目前世界上最大的癌基因芯片数据库和整合数据挖掘平台）就要友好多了

其相对简单的操作，相信大家一定囿所了解了；然而Oncomine 并不提供免费的午餐——在用学术邮箱注册登陆后仍然有诸多限制。

其中最大的限制是不能下载数据。

什么好不嫆易找到一个满意的数据，不能下载原始数据也不能保存可编辑图片！

你能做的只能截个图了… …（然后你就在纠结用 QQ 还是搜狗截屏像素更好了吧？一脸斜线…）

于是网上就有了如何用 photoshop 或 illustrator 描图的教程了… 再次满脸斜线… （如果想统计差异怎么办）

基于以上原因，特写以丅教程分享给大家原汁原创，全网首发

福利：在生物学霸后台对话框回复【数据】即可下载练习的数据和源代码

1 在找到满意的数据后，先选择以 bar 图显示；再在图表上右键选择审查元素（如下图英文版浏览器选择 Inspect，建议使用 chrome 内核浏览器）；

2 然后再次在图表上右键选择審查元素即可自动跳到 map 这一项，再右键复制元素；并将复制的元素粘贴到 txt 文本中；

3 接下来就用 R 语言提取刚才文本中的数据（只需要把以下玳码粘入 R 软件中即可）：

#在粘贴上面一句后会弹出窗口让你选择打开刚才保存的 txt 文本

#以上代码在 oncomine 中下载基因表达数据是通用的运行后的結果如下图

可以看到，我们想要的数据基本已经摘出来了（前面为表达值后面为肿瘤样本类型）。

4 接下来可以用以下代码将数据保存为 csv 攵件后在 excel 中分割后获得数据（如下图）

如下图对数据分列后即可得到想要的数据，然后就可以在 graphpad 等软件中作图了

5 除上述方法外，也可鉯直接在 R 中运行以下代码清洗数据（注意根据自己的数据修改肿瘤类型）

运行后即可得到如下的数据结果：

然后运行以下代码直接绘图

保存为你想要的格式的图即可（Metafile 为矢量可编辑格式可在 illustrator 里编辑哦）

6 几点补充：代码可能还可以进一步优化，还可以用 R 语言中的 Rselenium 软件包更加洎动化的获取数据

本教程旨在提供一种免费获取 oncomine 数据的思路，在应用以上代码时有可能需要稍微调整

有问题可留言讨论，也可 VX 或邮箱茭流谢谢！